Il demoniaco detective Hellboy, per gli amici Red, in forze al Dipartimento per la Ricerca sul Paranormale e la Difesa, è vittima tanto del suo capo Manning, che vorrebbe impedirgli di mettersi in mostra davanti agli umani, tanto della sua fidanzata Liz, che sembra avere un segreto e non volerglielo rivelare. Ma intanto un pericolo molto più grande incombe sul mondo intero: il principe delle tenebre Nuada, stanco di obbedire all’umanità, ha risvegliato un esercito leggendario di macchine assassine al fine di annientarla. A Hellboy e al suo indistruttibile pugno di pietra il compito di fermarlo.