2035. L'intera popolazione mondiale viene distrutta da un virus mortale ed i sopravvissuti sono costretti a vivere rinchiusi nelle viscere della terra. Un uomo, mandato indietro nel tempo alla ricerca di un campione del virus, si trova faccia a faccia con l'Esercito delle 12 Scimmie, un gruppo di estremisti legati in qualche modo alla malattia mortale. Riuscirà Cole a salvare la sua gente o finirà, anche lui, sull'orlo della pazzia?